天真爛漫，不諳世事的千金大小姐許倩然，因?qū)πr(shí)候見(jiàn)過(guò)的一位流浪武人的向往，對(duì)江湖產(chǎn)生了莫大的興趣。她纏著家里的武生教授她武術(shù)，卻又受不了辛苦的訓(xùn)練，只學(xué)了點(diǎn)皮毛便以為自己很厲害。一日，她的娘親逼她與富商的兒子成親，然而許倩然不愿將余生交給她素未謀面的人，便帶上丫鬟綠撫女扮男裝，離家出走闖蕩江湖。為了追求所愛(ài)，歷經(jīng)千辛萬(wàn)苦，終于尋得了自己理想中的愛(ài)人，并最后獲得了皇后的祝福，迎來(lái)了幸福美滿(mǎn)的結(jié)局。

天授二年臘月，武則天詔令百花連夜開(kāi)放。牡丹仙面臨選擇——開(kāi)，就是順從；不開(kāi)，就是死。桃花勸她低頭——不過(guò)百年，女皇就死了。牡丹仙說(shuō)——我的選擇是不開(kāi)。 她開(kāi)始講述自己的故事。 上古時(shí)期，女?huà)z造人，她是群體本性的象征。諸神祝福人類(lèi)時(shí)，壽星公種下牡丹種子，牡丹仙誕生，代表對(duì)未來(lái)的希望。蒼天誕生，代表個(gè)體本性，與女?huà)z展開(kāi)戰(zhàn)爭(zhēng)。女?huà)z補(bǔ)天，道隕化入萬(wàn)靈，群體本性成為萬(wàn)靈內(nèi)心的聲音。 伏羲被困天庭，神農(nóng)氏退位，帝俊蠱惑萬(wàn)靈為妖，人妖大戰(zhàn)爆發(fā)。炎帝的安撫政策被蒼天陰謀破壞，被迫轉(zhuǎn)為鎮(zhèn)壓，萬(wàn)靈投靠妖族，百年血戰(zhàn)。炎帝內(nèi)疚殉道。蚩尤拒絕妖族幫助，獨(dú)自戰(zhàn)斗，被擒囚禁。 五帝時(shí)代，禪讓制是群體本性的最后堡壘。夏啟被蒼天蠱惑，武力奪位，廢除禪讓制，開(kāi)啟家天下。“天下為公”變成“天下為家”，個(gè)體本性勝利。此后四千年，王朝循環(huán)，蒼天詛咒。 東漢末年，張角覺(jué)醒，高呼“蒼天已死，黃天當(dāng)立”，黃巾起義失敗，但火種不滅。 牡丹仙在歷史中經(jīng)歷了六世。第一世壽星紫，祝福未來(lái)，死于人妖大戰(zhàn)。第二世玉版白，祝福善意，陪伴曹植十年，殉情而死。第三世化為姚黃、魏紫、荷包牡丹，祝福愛(ài)情，千年后困惑而死。第四世洛陽(yáng)紅，祝福反抗，在風(fēng)雪中燃燒自己，鮮血化入泥土。 1949年，新中國(guó)成立。群體本性最終戰(zhàn)勝個(gè)體本性，“天下為公”回歸人間。 春天，邙山，六色牡丹同時(shí)綻放。牡丹仙站在花海中微笑。無(wú)數(shù)身影浮現(xiàn)——炎帝、蚩尤、張角、無(wú)數(shù)先烈。毛主席站在花海中，輕觸一朵洛陽(yáng)紅。 待到山花爛漫時(shí)，他在叢中笑。

徐見(jiàn)慕新帝登基，面對(duì)著朝堂老臣擁戴，她皇位穩(wěn)固，萬(wàn)民歸心。從嫡公主登基至女帝，她幾乎沒(méi)費(fèi)什么心力。唯一能讓你左右為難的，便是那后宮 三千男子。人生如夢(mèng)，青史虛名，自問(wèn)心無(wú)愧。

明末，人們迷信修仙煉丹拒絕求醫(yī)，中醫(yī)式微。少年醫(yī)者李子明機(jī)緣巧合之下從一本破舊的《本草綱目》中召喚出藥?kù)`——冬葵仙子。她懇請(qǐng)世間唯一能和曾經(jīng)的李時(shí)珍一樣與藥?kù)`對(duì)話(huà)的李子明幫助藥?kù)`們收集因事故四散的《本草綱目》殘頁(yè)，拯救草藥精靈們的世界，同時(shí)將《本草綱目》中記載的資料流傳下來(lái)，將中醫(yī)發(fā)揚(yáng)光大。李子明醫(yī)者仁心，不忍拒絕，從此踏上旅程。在一系列遭遇和邂逅中不斷成長(zhǎng)，收集殘頁(yè)的同時(shí)也與藥?kù)`們結(jié)下深厚羈絆。