這家叫做“妙藥堂”的中醫(yī)診所，他的擁有者是家里世代行醫(yī)的唐本草。這個診所不光給人看病，還接待一些神秘奇異的妖怪……在大夫與病人之間，在人類與妖怪之間，發(fā)生了各種各樣的故事……

原本中醫(yī)系畢業(yè)的張機(jī)，因?yàn)橹嗅t(yī)不容樂觀的就業(yè)情勢，于是打算轉(zhuǎn)行“更有前途”的西醫(yī)。然而某天他回家后，發(fā)現(xiàn)家中多了位不速之客——醫(yī)仙【岐伯】。岐伯以“因?yàn)槟闶菑垯C(jī)（張仲景）”為理由，將“重振中醫(yī)”交給了張機(jī)。 為了讓張機(jī)可以勝任“重振中醫(yī)”的重任，岐伯遣藥靈親自教導(dǎo)張機(jī)中藥的配伍使用，并將一本可以與藥靈訂立契約的《玉函本草集》交由張機(jī)，同時讓人參【任弦】作為張機(jī)的幫助與監(jiān)督者。

天授二年臘月，武則天詔令百花連夜開放。牡丹仙面臨選擇——開，就是順從；不開，就是死。桃花勸她低頭——不過百年，女皇就死了。牡丹仙說——我的選擇是不開。 她開始講述自己的故事。 上古時期，女媧造人，她是群體本性的象征。諸神祝福人類時，壽星公種下牡丹種子，牡丹仙誕生，代表對未來的希望。蒼天誕生，代表個體本性，與女媧展開戰(zhàn)爭。女媧補(bǔ)天，道隕化入萬靈，群體本性成為萬靈內(nèi)心的聲音。 伏羲被困天庭，神農(nóng)氏退位，帝俊蠱惑萬靈為妖，人妖大戰(zhàn)爆發(fā)。炎帝的安撫政策被蒼天陰謀破壞，被迫轉(zhuǎn)為鎮(zhèn)壓，萬靈投靠妖族，百年血戰(zhàn)。炎帝內(nèi)疚殉道。蚩尤拒絕妖族幫助，獨(dú)自戰(zhàn)斗，被擒囚禁。 五帝時代，禪讓制是群體本性的最后堡壘。夏啟被蒼天蠱惑，武力奪位，廢除禪讓制，開啟家天下。“天下為公”變成“天下為家”，個體本性勝利。此后四千年，王朝循環(huán)，蒼天詛咒。 東漢末年，張角覺醒，高呼“蒼天已死，黃天當(dāng)立”，黃巾起義失敗，但火種不滅。 牡丹仙在歷史中經(jīng)歷了六世。第一世壽星紫，祝福未來，死于人妖大戰(zhàn)。第二世玉版白，祝福善意，陪伴曹植十年，殉情而死。第三世化為姚黃、魏紫、荷包牡丹，祝福愛情，千年后困惑而死。第四世洛陽紅，祝福反抗，在風(fēng)雪中燃燒自己，鮮血化入泥土。 1949年，新中國成立。群體本性最終戰(zhàn)勝個體本性，“天下為公”回歸人間。 春天，邙山，六色牡丹同時綻放。牡丹仙站在花海中微笑。無數(shù)身影浮現(xiàn)——炎帝、蚩尤、張角、無數(shù)先烈。毛主席站在花海中，輕觸一朵洛陽紅。 待到山花爛漫時，他在叢中笑。