明末，人們迷信修仙煉丹拒絕求醫(yī)，中醫(yī)式微。少年醫(yī)者李子明機(jī)緣巧合之下從一本破舊的《本草綱目》中召喚出藥?kù)`——冬葵仙子。她懇請(qǐng)世間唯一能和曾經(jīng)的李時(shí)珍一樣與藥?kù)`對(duì)話的李子明幫助藥?kù)`們收集因事故四散的《本草綱目》殘頁(yè)，拯救草藥精靈們的世界，同時(shí)將《本草綱目》中記載的資料流傳下來(lái)，將中醫(yī)發(fā)揚(yáng)光大。李子明醫(yī)者仁心，不忍拒絕，從此踏上旅程。在一系列遭遇和邂逅中不斷成長(zhǎng)，收集殘頁(yè)的同時(shí)也與藥?kù)`們結(jié)下深厚羈絆。

這家叫做“妙藥堂”的中醫(yī)診所，他的擁有者是家里世代行醫(yī)的唐本草。這個(gè)診所不光給人看病，還接待一些神秘奇異的妖怪……在大夫與病人之間，在人類與妖怪之間，發(fā)生了各種各樣的故事……

燕赤霞在家門遭變之后，看透世人的貪嗔欲愛(ài)，決心潛心修道。他的師傅為了試煉他，讓他只身去黑山捉妖。在試煉的過(guò)程中，燕赤霞遇上了不顧他人勸阻夜宿鬼寺的落魄書生寧采臣，二人成為鄰居。寧采臣偶遇女鬼聶小倩，兩情相悅。但小倩是被樹(shù)妖姥姥控制的鬼魂，專門迷惑精壯男子代姥姥吸取陽(yáng)氣。寧采臣欲救小倩脫離姥姥魔掌，但苦于姥姥功力深厚，小倩無(wú)法脫離其魔掌。二人遂向燕赤霞求救，一場(chǎng)人鬼大戰(zhàn)就此展開(kāi)……

悠悠宙宇，數(shù)十萬(wàn)個(gè)輪回，天皇消失，大道已死，究竟是何人所為？這天地間隱藏了太多的秘密，詭異的生命禁地，神秘的九曲天書，它們?yōu)楹未嬖谶@世上？少年葉生在亂世中出生，斬盡天下妖魔，只為尋求自己心中的大道，探索著天和地的隱秘。