一克帝國(guó)英雄傳2承接一克帝國(guó)英雄傳漫畫劇情，是第一部的正統(tǒng)續(xù)作，一克帝國(guó)一統(tǒng)十四州后，來(lái)自四方的威脅仍未解除，大正皇王思北一聲令下開(kāi)啟了十四州外異域地區(qū)的東伐西討、南征北戰(zhàn)，以及探秘發(fā)現(xiàn)未知區(qū)域及其他國(guó)度的奇幻旅程（根據(jù)小說(shuō)一克帝國(guó)異域志內(nèi)容改編而成）。

明末，人們迷信修仙煉丹拒絕求醫(yī)，中醫(yī)式微。少年醫(yī)者李子明機(jī)緣巧合之下從一本破舊的《本草綱目》中召喚出藥?kù)`——冬葵仙子。她懇請(qǐng)世間唯一能和曾經(jīng)的李時(shí)珍一樣與藥?kù)`對(duì)話的李子明幫助藥?kù)`們收集因事故四散的《本草綱目》殘頁(yè)，拯救草藥精靈們的世界，同時(shí)將《本草綱目》中記載的資料流傳下來(lái)，將中醫(yī)發(fā)揚(yáng)光大。李子明醫(yī)者仁心，不忍拒絕，從此踏上旅程。在一系列遭遇和邂逅中不斷成長(zhǎng)，收集殘頁(yè)的同時(shí)也與藥?kù)`們結(jié)下深厚羈絆。

2516地球環(huán)境惡化，人類將月球改造成了一個(gè)理想國(guó)度“龜塔”。 然而只有最優(yōu)秀的人才有移民權(quán)。同時(shí)因龜塔不斷脫落細(xì)胞（破壞力極強(qiáng)的怪物“蜉蝣”），使地球生存環(huán)境更加惡劣。為了盡快離開(kāi)地球，移民新世界，窮逼少年杜凜和伙伴們加入了機(jī)甲隊(duì)，靠擊殺蜉蝣獲取移民分，不想蜉蝣愈殺愈強(qiáng)，杜凜幾經(jīng)危險(xiǎn)，就在生死未卜之時(shí)，一個(gè)神秘蘿莉出現(xiàn)在了他的生命里，杜凜獲得了巔覆整個(gè)戰(zhàn)局的力量。