一克帝國(guó)英雄傳2承接一克帝國(guó)英雄傳漫畫劇情，是第一部的正統(tǒng)續(xù)作，一克帝國(guó)一統(tǒng)十四州后，來(lái)自四方的威脅仍未解除，大正皇王思北一聲令下開啟了十四州外異域地區(qū)的東伐西討、南征北戰(zhàn)，以及探秘發(fā)現(xiàn)未知區(qū)域及其他國(guó)度的奇幻旅程（根據(jù)小說(shuō)一克帝國(guó)異域志內(nèi)容改編而成）。

原本中醫(yī)系畢業(yè)的張機(jī)，因?yàn)橹嗅t(yī)不容樂(lè)觀的就業(yè)情勢(shì)，于是打算轉(zhuǎn)行“更有前途”的西醫(yī)。然而某天他回家后，發(fā)現(xiàn)家中多了位不速之客——醫(yī)仙【岐伯】。岐伯以“因?yàn)槟闶菑垯C(jī)（張仲景）”為理由，將“重振中醫(yī)”交給了張機(jī)。 為了讓張機(jī)可以勝任“重振中醫(yī)”的重任，岐伯遣藥?kù)`親自教導(dǎo)張機(jī)中藥的配伍使用，并將一本可以與藥?kù)`訂立契約的《玉函本草集》交由張機(jī)，同時(shí)讓人參【任弦】作為張機(jī)的幫助與監(jiān)督者。

在與現(xiàn)實(shí)世界極為相似的平行世界里，虛擬現(xiàn)實(shí)技術(shù)極度發(fā)達(dá)，一群在現(xiàn)實(shí)中身份各異的少年，進(jìn)入了名為尋找公主的虛擬現(xiàn)實(shí)游戲中，并在游戲中成為了朋友。殊不知這是一款由掌權(quán)者打造的，一款專門用于選拔的游戲。孩子們?cè)谟螒蚍N產(chǎn)生的數(shù)據(jù)會(huì)被電腦計(jì)算，篩選，最終選出智力，力量等各方面異于常人的潛力孩子，被選出的孩子將在特攻學(xué)院中進(jìn)行特殊培訓(xùn)，最終之戰(zhàn)將在現(xiàn)實(shí)展開。